Le manuscrit autographe de cette Sonate se trouve à la Deutsche Staatsbibliothek, à Berlin. Sur la page de titre, il est spécifié : Altnicol, organist in Naumburg und Joh.Sebast .Bachs Schwiegersohn (gendre de J.S.Bach) et Eigene Handschrift des Componisten (manuscrit personnel du compositeur) Une copie se trouve à la Bibliothèque Nationale à Paris (bibliothèque du Conservatoire, cote L.2667).
La Sonate est en trois mouvements bien différenciés (Allegro un poco, Largo e Affettuoso, Vivace), chaque mouvement présentant une forme « binaire à reprises » caractérisée. Si le titre stipule sans ambiguïté le clavecin et si son ambitus (Ut1-Ré 5) est des plus communs, plusieurs éléments militent plutôt en faveur du clavicorde, voire même du tout nouveau piano-forte.
N’oublions pas que l’orgue de Naumburg était l’œuvre du facteur Gottfried Silbermann, auteur de deux pianoforte qui avaient suscité successivement les critiques puis les louanges du Cantor de Leipzig.